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ふるさと納税は年末調整で控除できない

会社員の方は毎年年末になると年末調整の書類を提出しますが、ふるさと納税の控除はこの年末調整では手続きできません。
まずはその理由を理解しておきましょう。
年末調整で控除できない理由
年末調整とは、会社が従業員に代わって1年間の所得税を精算する手続きです。
毎月の給与から天引きされた所得税の過不足を調整し、払いすぎた税金があれば還付されます。
しかし、年末調整で対応できる控除は限られています。
生命保険料控除や扶養控除、配偶者控除、住宅ローン控除(2年目以降)などは年末調整で申告できますが、ふるさと納税は「寄附金控除」に該当するため対象外です。
ふるさと納税は「寄附金控除」に該当し、税法上、年末調整の対象となっていません。
そのため、会社員であっても年末調整で控除手続きを行うことはできず、「ワンストップ特例制度」または「確定申告」による申請が必要です。
また、ふるさと納税は12月31日まで寄附できるため、年末調整が行われる時点では年間の寄附総額が確定していないことも、年末調整で対応できない理由の一つです。
上記も年末調整で控除できない理由の一つです。
そのため、ふるさと納税の控除を受けるには別の手続きが必要になります。
控除を受ける2つの方法
ふるさと納税の控除を受けるには、以下の2つの方法があります。
| 項目 | ワンストップ特例制度 | 確定申告 |
|---|---|---|
| 対象者 | 確定申告が不要な給与所得者 | 誰でも利用可 |
| 寄附先の上限 | 5自治体以内 | 制限なし |
| 申請期限 | 翌年1月10日必着 | 翌年2月16日〜3月15日 |
| 控除される税金 | 住民税のみ | 所得税+住民税 |
| 手続きの手間 | 簡単 | やや複雑 |
※どちらの方法でも控除される総額は同じです。
ワンストップ特例制度では、所得税分も含めて全額が住民税から控除されます。
会社員で確定申告の予定がない方は、手続きが簡単なワンストップ特例制度がおすすめです。
ワンストップ特例制度の利用方法【会社員におすすめ】

ワンストップ特例制度は、確定申告をせずにふるさと納税の控除を受けられる便利な制度です。
会社員の方に特におすすめの方法ですが、利用するにはいくつかの条件があります。
利用条件
ワンストップ特例制度を利用するには、以下の条件をすべて満たす必要があります。
- 確定申告が不要な給与所得者であること
- 1年間の寄附先が5自治体以内であること
なお、同じ自治体に複数回寄附した場合でも、1自治体としてカウントされます。
そのため、同じ自治体に何度寄附しても問題ありません。
ただし、医療費控除を受ける場合や住宅ローン控除の1年目など、他の理由で確定申告が必要な方はワンストップ特例制度を利用できません。
その場合は確定申告でふるさと納税の控除も一緒に申告しましょう。
申請手順と必要書類
ワンストップ特例制度の申請手順は以下のとおりです。
- ふるさと納税を行う際に「ワンストップ特例制度を希望する」を選択する
- 寄附後、自治体から届く申請書類を確認する
- 「寄附金税額控除に係る申告特例申請書」に必要事項を記入する
- 本人確認書類のコピーを準備する
- 申請期限までに寄附先の自治体へ郵送する
申請に必要な書類は以下のとおりです。
- 寄附金税額控除に係る申告特例申請書
- 本人確認書類(以下のいずれか)
– マイナンバーカードの両面コピー
– 通知カードのコピー+運転免許証やパスポートなど顔写真付き身分証明書のコピー
申請書は寄附ごとに提出が必要です。
同じ自治体に3回寄附した場合は、3回分の申請書を提出します。
なお、ふるなびでは「ワンストップ特例オンライン申請」にも対応しています。
マイナンバーカードと対応アプリを使えば、郵送不要でスマートフォンから簡単に申請できます。
申請期限と注意点
ワンストップ特例制度の申請期限は、寄附した翌年の1月10日必着です。
年末にふるさと納税を行った場合は、申請期限まで日数が短いため早めに手続きしましょう。
また、以下の点にも注意が必要です。
- 寄附後に引っ越しや氏名変更があった場合は「申告特例申請事項変更届出書」の提出が必要
- 申請期限を過ぎた場合はワンストップ特例制度が使えないため、確定申告で対応する
- 確定申告を行うと、ワンストップ特例制度の申請はすべて無効になる
期限に間に合わなかった場合でも、確定申告をすれば控除を受けられるので安心してください。
確定申告でふるさと納税の控除を受ける方法

ワンストップ特例制度の条件を満たさない場合や、申請期限に間に合わなかった場合は、確定申告でふるさと納税の控除を受けましょう。
確定申告が必要なケース
以下に該当する方は、確定申告でふるさと納税の控除手続きを行う必要があります。
- 1年間の寄附先が6自治体以上の場合
- ワンストップ特例制度の申請期限(1月10日)に間に合わなかった場合
- 医療費控除や住宅ローン控除1年目など、他の理由で確定申告が必要な場合
- 個人事業主やフリーランスの場合
- 年間の給与収入が2,000万円を超える場合
上記に該当する方は、ワンストップ特例制度を申請していても無効になるため、すべての寄附分を確定申告で申告してください。
申告手順と必要書類
確定申告の手順は以下のとおりです。
- 寄附金受領証明書を準備する(寄附後に各自治体から届きます)
- 確定申告書を作成する(e-Taxまたは書面)
- 寄附金控除の欄に寄附先の自治体名と寄附金額を記入する
- 税務署へ提出する(e-Tax、郵送、窓口のいずれか)
確定申告に必要な書類は以下のとおりです。
- 確定申告書
- 寄附金受領証明書(すべての寄附分)
- 源泉徴収票(給与所得者の場合)※e-Taxで申告する場合は添付省略可
- マイナンバーカードまたは通知カード
e-Tax(電子申告)を利用すれば、自宅から24時間いつでも申告できるため便利です。
マイナンバーカードとスマートフォンがあれば、スマホからでも申告できます。
また、ふるさと納税ポータルサイトが発行する「寄附金控除に関する証明書」(XMLデータ)を利用すれば、複数の寄附をまとめて申告でき、手続きがさらに簡単になります。
申告期限
確定申告の期間は、毎年2月16日から3月15日までです(土日祝日の場合は翌営業日)。
ただし、ふるさと納税の還付申告のみを行う場合は、翌年1月1日から申告可能です。
早めに申告すれば、その分早く所得税の還付を受けられます。
なお、申告期限を過ぎてしまった場合でも、5年以内であれば申告可能です。
詳しくは後述の「控除申請を忘れた場合の対処法」をご確認ください。
ふるさと納税の控除はいつ反映される?

ふるさと納税の控除手続きを行った後、実際に控除が反映されるタイミングは手続き方法によって異なります。
確定申告の場合
確定申告をした場合、所得税と住民税の両方から控除されます。
- 所得税:確定申告後、1〜2ヶ月程度で指定した銀行口座に還付金が振り込まれます
- 住民税:寄附した翌年6月以降の住民税額に控除が反映されます。実際には、ふるさと納税の控除を反映した住民税額が、翌年6月から翌々年5月まで分割して徴収されます。
例えば、2024年中にふるさと納税を行い、2025年3月に確定申告をした場合、所得税は2025年4〜5月頃に還付され、住民税は2025年6月から2026年5月まで毎月控除されます。
ワンストップ特例制度の場合
ワンストップ特例制度を利用した場合、所得税からの還付はありません。控除額の全額が住民税から控除されます。
- 所得税:還付なし
- 住民税:寄附した翌年6月以降の住民税額に控除が反映されます。ワンストップ特例制度では、本来所得税から控除される分も含めて、全額が住民税から控除されます。
控除が正しく反映されているかは、毎年5〜6月頃に届く「住民税決定通知書」で確認できます。
通知書の「寄附金税額控除」の欄に控除額が記載されていれば、正しく手続きが完了しています。
控除申請を忘れた場合の対処法

ふるさと納税をしたものの、控除の申請を忘れてしまった場合でも、一定期間内であれば対処可能です。
期限を過ぎても確定申告で対応可能
ワンストップ特例制度の申請期限(1月10日)を過ぎてしまった場合は、確定申告で控除を受けられます。
確定申告の期間(2月16日〜3月15日)内に手続きを行いましょう。
また、確定申告の期限も過ぎてしまった場合でも、「還付申告」として5年以内であれば申告可能です。
還付申告は、ふるさと納税をした翌年の1月1日から5年間受け付けています。
例えば、2024年分のふるさと納税であれば、2025年1月1日から2029年12月31日まで申告できます。
なお、すでに確定申告を済ませた後にふるさと納税の申告漏れに気づいた場合は、「更正の請求」という手続きで対応できます。
更正の請求は、原則として申告期限から5年以内であれば可能です。
過去にふるさと納税をしたけれど控除申請を忘れていた方は、寄附金受領証明書が手元にあれば今からでも申告できます。
届いた寄附金受領証明書は、念のため5年間は大切に保管しておきましょう。
よくある質問(FAQ)
Q1:ワンストップ特例制度と確定申告は併用できる?
ワンストップ特例制度と確定申告を併用することはできません。
確定申告を行うと、ワンストップ特例制度の申請はすべて無効になります。
そのため、医療費控除などで確定申告をする場合は、ふるさと納税の寄附分もすべて確定申告で申告する必要があります。
ワンストップ特例制度を申請済みでも、後から確定申告が必要になった場合は、忘れずにふるさと納税分も含めて申告しましょう。
Q2:住宅ローン控除と併用する際の注意点は?
住宅ローン控除とふるさと納税は併用可能ですが、以下の点に注意が必要です。
- 住宅ローン控除1年目:確定申告が必要です。確定申告を行うとワンストップ特例制度の申請は無効になるため、ふるさと納税分も確定申告で申告しましょう。
- 住宅ローン控除2年目以降:年末調整で住宅ローン控除を受けられるため、ワンストップ特例制度が利用可能です。
また、住宅ローン控除を利用している場合は、所得税や住民税の控除状況によって、ふるさと納税の控除上限額に影響することがあります。
住宅ローン控除とふるさと納税は併用できますが、想定どおりの控除を受けるためにも、事前に控除上限額シミュレーションで確認しておくと安心です。
まとめ
ふるさと納税は年末調整では控除できないため、「ワンストップ特例制度」または「確定申告」で手続きを行う必要があります。
会社員の方には、確定申告が不要で手続きが簡単なワンストップ特例制度がおすすめです。
ワンストップ特例制度の申請期限は翌年1月10日必着なので、届いた書類は早めに返送しましょう。
申請期限を過ぎてしまった場合でも、5年以内であれば確定申告で控除を受けられます。
ふるさと納税を始める前に、まずは控除上限額をシミュレーションで確認しておきましょう。














